Этот момент, возможно, спас жизнь Стеблина-Каменского и сильно повлиял на его дальнейшую судьбу. Вернувшись, моряки узнали, что всего месяц назад на главной базе Балтийского флота шла зверская резня офицеров. Многие знакомые, одноклассники и друзья Стеблина-Каменского погибли трагической смертью. Услышав леденящие кровь рассказы, Иван твердо решил посвятить жизнь служению Богу и в июне того же года уволился со службы по состоянию здоровья.
После ухода со службы Стеблин-Каменский участвовал в научной экспедиции, исследовавшей невские отмели, служил помощником директора маяков Балтийского флота и одновременно был псаломщиком в Свято-Троицком храме Петрограда. Именно в церковном служении бывший моряк окончательно реализовался. В 1920 году он уезжает навестить могилу матери, с которой был очень близок в детстве, в Биюцишках. А по возвращении в Петроград принимает сан диакона вместе с обетом безбрачия. В последующие годы Ивана со всей страстью захватило новое служение. Все свое время и силы он отдавал пастве, и в скором времени был рукоположен уже в сан священника.
В начале 1924 года началось массовое возвращение храмов, отнятых обновленцами, в патриаршую Церковь. Активизировалась жизнь приходов и организовывались братства. Вследствие этого ОГПУ (объединенное государственное политическое управление) стало все сильнее вмешиваться в церковную жизнь. В Петрограде было арестовано около сорока человек духовенства и мирян.